Le Rapporteur spécial sur la promotion et la protection des droits de l'homme et des libertés fondamentales dans la lutte antiterroriste note que certains États appliquent des définitions du terrorisme empreintes de mauvaise foi pour mettre hors la loi l'opposition politique ou des organismes religieux, des minorités, ou des mouvements autochtones ou autonomistes qui n'ont jamais eu recours à la violence contre les personnes.

Ainsi, la conception autonomiste séparatiste (les «compartiments étanches») ne serait pas seule à le mettre en péril, il serait également menacé par l'appropriation et la hiérarchisation des droits en fonction des priorités institutionnelles et idéologiques préétablies de l'OMC, comme l'a proposé Ernst-Ulrich Petersmann, sur le plan doctrinal et conceptuel.

C'est là un «message» problématique car on sait que les États emploient fréquemment des définitions du terrorisme qui, soit ne satisfont pas aux exigences de l'article 15 du Pacte international relatif aux droits civils et politiques (nullum crimen sine lege, nulla poena sine lege, non-rétroactivité) soit, ce qui est bien pire, sont conçues de mauvaise foi pour déclarer illégaux des partis d'opposition, des entités religieuses, des mouvements de minorités ou d'autochtones ou des mouvements autonomistes qui n'ont jamais usé de violence contre des personnes.